Правление Александра III было отнюдь не «мирным». Просто сил империи не хватало на то, чтобы переварить завоёванное, и сама структура империи оказалась тормозом на путях её роста. Например, Александр III был энтузиастом русификации, «гомогенизации» империи. Поэтому он приветствовал начавшееся в 1883 году движение эстонских крестьян по переходу в православие. 124 эстонца подали прошение епископу о переходе именно в день коронации Александра, «дабы тем самым показать свое единение с царем». За последующие 4 года в православие перешло более 15 тысяч крестьян. Из них 11 тысяч вернулись в лютеранство после 1905 года.
Переход в православие вызывался желанием крестьян освободиться от гнёта немецких дворян. Классовая солидарность оказалась сильнее религиозной, сильнее даже идеи «русификации». В защиту немецких аристократов поднялась и русская аристократия, и в конце концов император уступил.
Это было и личное поражение Победоносцева, вполне достойного звания первого российского политтехнолога, который курировал православизацию эстонцев. Методы были чисто силовые. Например, были заведены уголовные дела на 92 пасторов (из 141). Их обвинили в «совращении» православных в лютеранство только потому, что крестьяне обращались к ним за венчанием браков, где один из супругов был лютеранин. Раньше такие браки терпелись.
Против Александра III (Победоносцев не руководил царём, а лишь исполнял его волю) выступила и русская, и европейская аристократия. Ведь всё упиралось в то, что немецкие дворяне не желали выделять землю и здания для православных школ и храмов, даже за денежную компенсацию. Оставалось только конфисковывать эту землю, но это воспринималось как подрыв устоев.
Против действий правительства выступили юристы, начиная с великого А.Кони, тогда руководившего кассационным департаментом. Дал задний ход и Победоносцев. Однако, репутацию он себе изрядно подпортил, ведь его политика вызывала протесты таких видных лютеранских европейских лидеров как пастор Херман Дальтон, который близко общался с Победоносцевым, видел в нём собрата по вере, а тут вышел афронт. На протесты Европы Победоносцев нагло отвечал, что «нигде в Европе инославные и даже нехристианские исповедания не пользуются столь широкой свободой как посреди русского народа». При этом Победоносцев намекнул, что немецкие дворяне втайне лелеют мысль об отделении Эстонии от России, что вызвало возмущение и в среде русского дворянства, поскольку обвинение было абсолютно ни на чём не основано.